Seine Diagnostisch-therapeutische Strategie bestand darin, aus der Anamnese und mit gezielter Labordiagnostik Hinweise auf eine Grunderkrankung zu finden, die ursächlich für die CFS-Symptomatik verantwortlich sein könnte. Da zahlreiche Erkrankungen mit einer Erschöpfungssymptomatik verbunden sind, müssen all diese Krankheiten als Ursache dafür in Betracht gezogen werden, z.B. Krebserkrankungen, Autoimmunerkrankungen, chronisch persistierende Infektionen, Vergiftungen mit Umweltschadstoffen, permanenter Allergenstress, neuro-muskuläre Erkrankungen, Herz-Kreislauferkrankungen oder psychische Erkrankungen. Dann ist es u.U. möglich, eine kausale Behandlung durchzuführen. Das Kriterium der Wahrheit sei dann der Therapieerfolg.

Sein diagnostisches Vorgehen bestand jeweils in einer Eingangsdiagnostik in Verbindung mit Basis-Laboruntersuchungen und danach gegebenenfalls eine erweiterte Labordiagnostik, die sich an den Leitsymptomen orientiert. Prof. von Baehr berichtete von einigen Fällen, in denen die Grunderkrankung eingegrenzt und erfolgreich behandelt werden konnte. Die Ursachen waren sehr unterschiedlich, so dass er zu dem Schluss kommt, dass es keinen einzelnen Erreger oder Faktor gibt, der das CFS verursacht, sondern sehr viele. Entsprechend gibt es auch keinen einzelnen Labormarker. Es gäbe deshalb weder einen generellen Diagnoseweg noch kein generell anwendbares, erfolgreiches Therapieverfahren. Beides müsse sich immer am individuellen Fall und den jeweiligen anamnestischen und klinischen Gesichtspunkten ausrichten.